Voy a contar un par de sencillos comandos que os ayudarán si queréis migrar todos vuestros selectores dolar ($) a la nueva forma definida en mootools 1.2.3: document.id.
La primera forma es ejecutar un comando desde la línea de comandos. Todo lo que necesitas es tener instalado perl en tu sistema. Este es el comando (cambia fichero.js por el nombre de tu fichero javascript):
perl -i -pe 's/([^\$])\$\(/$1document.id(/g;' fichero.js
Quizás prefieras usar -i.old en vez de -i que hará una copia de tu fichero original fichero.js a fichero.js.old. De esta forma, mantienes una copia de tu fichero original.
Por supuesto este comando se puede usar con otros como find de modo que puedas migrar más de un fichero a la vez:
for i in $( find /path/a/tu/directorio/js -iname '*.js' ); do perl -i -pe 's/([^\$])\$\(/$1document.id(/g;' $i; done
Finalmente, para todos aquellos que como yo usen y prefieran vim, voy a mostrar como se hace el cambio con vim. Asegúrate que estas en el modo-comando (presiona varias veces la tecla <Esc>) y escribe:
:%s/\([^\$]\)\$(/\=submatch(1) . "document.id("/g
Y eso es todo! Disfruta de tu nuevo código que cumple con la especificación de compatibilidad entre frameworks javascript.